科學研究工作突飞猛进，科技竞争力显著增强。2017年獲科研總經費逾4.5億元，在研的國家級科研項目1212項，全年共發表SCI收錄論文2032余篇。
    

 在生物醫學研究的若幹領域獲得重要成就，並校以來醫學醫學院共獲得18項國家級技術發明和科技進步獎勵。
    李蘭娟院士主持的“人工肝支持系統治療重型病毒性肝炎的研究”獲1998年國家科技進步二等獎。
　　彭淑牖教授主持的“刮吸解法的建立與多功能手術解剖器研制”獲2001年國家技術發明二等獎
　　黃河教授主持的“非親緣異基因骨髓移植臨床研究”獲2003年國家科技進步二等獎
　　彭淑牖教授主持的“捆綁式胰腸吻合術的臨床及實驗研究” 獲2004年國家科技進步二等獎
　　鄭樹教授主持的“我國大腸癌高危人群防治基礎與臨床應用研究” 獲2005年國家科技進步二等獎
　　李蘭娟院士主持的“感染微生態學建立及應用研究”獲2007年國家科技進步二等獎
　　姚克教授主持的“白內障發病的相關機制與防治研究”獲2007年國家科技進步二等獎
　　鄭樹森院士主持的“肝移植技术创新体系的建立與推广应用”獲2008年國家科技進步二等獎
　　蔡秀軍教授主持的“腹腔鏡技術在肝膽胰脾外科的臨床研究及應用”獲2009年國家科技進步二等獎
黃荷鳳教授主持的“提高出生人口質量的生殖技術創建、體系優化與臨床推廣應用”獲2010年國家科技進步二等獎
謝幸教授主持的“宮頸癌發病生物學特征研究及早期防治措施建立與應用”獲2011年國家科技進步二等獎
金潔教授主持的“急性髓細胞白血病生物學特征研究及化療新方案的創建和推廣應用”獲2011年國家科技進步二等獎
王建安教授主持的“心肌梗死後心肌組織修複和功能重建的機制研究和臨床應用”獲2012年國家科技進步二等獎
李蘭娟院士主持的“重症肝病的理論創新與技術突破”獲2013年國家科技進步一等獎
沈華浩教授主持的“支氣管哮喘分子發病機制及診治新技術應用”獲2013年國家科技進步二等獎

        陈江华教授主持的“終末期腎病腎髒替代治療關鍵技術創新與推廣應用”獲2014年國家科技進步二等獎

        鄭樹森教授爲核心的“浙江大學醫學院附屬第一醫院終末期肝病綜合診治創新團隊”獲2015年国奖科技进步创新团队奖

        黃河教授主持的“異基因造血幹細胞移植關鍵技術創新與推廣應用”獲2015年國家科技進步二等獎

        李蘭娟院士领衔的“以防控人感染H7N9禽流感爲代表的新發傳染病防治體系重大創新和技術突破”獲2017年國家科技進步特等獎